'עיר ללא אלימות' בשיתוף עם גורמי החינוך המקומיים והארציים גיבשה אסטרטגיה להתערבות בתחום החינוך הפורמאלי. זו מבוססת על עקרונות אשר מדגישים את הבטחת תחושת המוגנות של כלל באי בית הספר, השבת הסמכות למחנכים, סיוע בהצבת גבולות ואכיפתם, ניהול וניווט הכיתה, טיפול בנושאי אחריות אישית של התלמידים ומתן משוב וחיזוק על התנהגויות נאותות.
כחלק מתכנית המוגנות של 'עיר ללא אלימות' בבתי ספר, מגוייסים מנחי חינוך עירוניים, הידועים בשם 'מנחי מנחים', אשר משתלמים ולומדים את התוכניות המובילות בתחום ומובילים את יישום התוכניות ביחד עם מנהלי בתי הספר בעיר. כל זאת תוך ראייה מערכתית של מכלול ההיבטים והנושאים הקשורים להתמודדות עם אלימות במערכת החינוך, ביצוע התערבות בכולם ללא יוצא מן הכלל ושינוי אורח החיים של מסגרת החינוך.
התוכנית עוסקת גם בהשבת הסמכות החינוכית וההורית בגני הילדים במסגרת תכנית אילנות. תכנית זו מתמקדת בהדרכת גננות בזמן אמת לתגובה סמכותית ואפקטיבית מול ארועי חוצפה ואלימות ובהדרכת הורים להצבת גבולות ותגובה אפקטיבית למצבי אלימות. אילנות גם מכשירה אנשי מקצוע, כגון עובדים סוציאלים, יועצות ומטפלים לעבודה על פי עקרונותיה.
תכנית אילנות גבוהים או אילנות ב', כפי שהיא מכונה בחלק מהערים, מהווה תכנית המשך לאילנות ומתמקדת בייעוץ להורים לילדים בבית הספר היסודי.
